برخی استفاده‌های غیر آرایشی برای بوتاکس وجود دارد. در واقع به صورت اتفاقی و در هنگام استفاده آرایشی و زیبایی از تزریق بوتاکس فواید پزشکی آن نیز کشف شد. شایع‌ترین استفاده پزشکی آن بوتاکس در درمان میگرن و تعریق زیاد است.
تعریق زیاد
منظور از تعریق، عرق کردن زیاد است. تخمین زده می‌شود که حدود سه درصد از مردم جهان از بیماری تعریق زیاد رنج می‌برند. تعریق مفرط زمانی رخ می‌دهد که هیپوتالاموس، قسمتی از مغز که وظیفه کنترل دمای بدن را دارد، بیش از حد کار کرده و سیگنال‌هایی برای کار کردن غدد تعریق را ارسال می‌کنند. مشکل ارتباطی سیستم عصبی سمپاتیک با هیپوتالاموس کار غدد تعریقی را مختل می‌کند. دلایل تعریق مفرط ناشناخته است ولی عوامل مختلفی مثل تمرینات ورزشی، غذاهای تند و اضطراب باعث زیاد شدن تعریق می‌شود.
اگر شخصی از تعریق زیاد رنج ببرد و دلیل آن وجود بیماری یا داروهای مصرفی دیگر نباشد آنگاه شخص به بیماری تعریق موضعی یا تعریق کانونی اولیه مبتلا است. این بدان معناست که تعریق زیاد در این افراد یک بیماری است و به دلیل عوارض بوتاکس سایر بیماری‌ها یا شرایط نیست. معمولاً این بیماری از سنین پایین شروع شده و تا پایان عمر ادامه می‌یابد. افرادی که دچار تعریق زیاد کانونی اولیه هستند معمولاً در نواحی از بدن که دارای تجمع زیاد غدد تعریقی هستند مثل صورت، دست‌ها، پاها و زیر بغل از بیشتر از حد معمول عرق می‌کنند. اگر یک طرف بدن از این بیماری متأثر شده و سپس طرف دیگر بدن هم درگیر شود باعث متقارن شدن بیماری می‌شود. معمولاً تعریق زیاد در هنگام خواب اتفاق نمی‌افتد.تزریق بوتاکس کف دست ، زیر بغل و … یکی از روش های درمان تعریق زیاد بدن است.
میگرن‌ها
میلیون‌ها نفر در سراسر جهان که سن آن‌ها عموماً بین ۱۰ تا ۵۰ سال است، از میگرن‌ها و سر دردهای شدید رنج می‌برند. این بیماری بین زنان نسبت به مردان شایع‌تر است.این بیماری‌ها باعث می‌شود که فرد مبتلا نتواند حتی ساده‌ترین کارهای روزمره خود را انجام دهد. میگرن‌ها فقط یک سردرد شدید و بد نیستند بلکه آن‌ها غالباً با علائم دیگری نظیر تهوع، استفراغ و نورگریزی همراه هستند. نشانه‌های پیش درآمدی یا اورا به عنوان علائم هشداردهنده‌ای شناخته می‌شوند که از حدود نیم ساعت قبل از شروع سردردهای شدید بروز کرده و احساس می‌شوند. یک نشانه پیش درآمدی اورا قابل مشاهده بوده یا احساس می‌شود. اگر قابل مشاهده باشد، به شکل احساس نوری سوسو کنان در اطراف اجسام در حوزه دید بیمار توصیف می‌شود. اگر به عنوان یک احساس ظاهر شود، شامل سرگیجه و بی‌حسی در اندام‌ها یا صورت می‌شود. میگرن به دلیل برخی عوامل نظیر تغییرات هورمونی، استرس، افسردگی و قرار گرفتن در معرض نور حمله می‌کند. دلیل اصلی میگرن نامشخصاست ولی عوامل ژنتیکی می‌تواند عمده‌ترین دلیل باشد.